HEPA filtr se používá ve všech provozech a zařízeních, kde se vyžaduje téměř 100% čistota vzduchu. Například operační sály, laminární boxy, stanice intenzivní péče, laboratoře, mikrobiologická pracoviště, průmysl farmaceutický, elektrotechnický, chemický, potravinářský, optovýroba, výroba magnetických nosičů, jaderná energetika atd.